Kể từ tháng 4 năm 1943, các bộ phận sau đây là một phần của Tổng cục Smersh:
Phân ban 1 - công tác tình báo và hoạt động trong bộ máy trung tâm của Dân ủy Quốc phòng
Phân ban 2 - sàng lọc các tù nhân chiến tranh, kiểm tra các binh sĩ Hồng quân đang bị giam giữ
Phân ban 3 - hoạt động chống lại các đặc vụ ném vào hậu phương của Hồng quân
Phân ban 4 - hoạt động trong bộ máy quân định để xác định các đặc vụ được cài cắm trong Hồng quân
Phân ban 5 - quản lý công việc của các cơ quan Smersh tại các quân khu
Phân ban 6 - Điều tra
Phân ban 7 - kế toán và thống kê hoạt động, xác minh danh pháp quân sự của Ủy ban Trung ương Đảng Cộng sản Liên minh Bolsheviks, NPOs, NKVMF, nhân viên mật mã, nhập học vào công việc bí mật và bí mật, xác minh nhân viên được gửi ra nước ngoài
Phân ban 8 - thiết bị hoạt động
Phân ban 9 - tìm kiếm, bắt giữ, giám sát bên ngoài
Phân ban 10 - Bộ phận "C" - nhiệm vụ đặc biệt
Phân ban 11 - mã hóa
Phân ban Chính trị
Phân ban Nhân sự
Phân ban Hành chính, tài chính và kinh tế
Ban thư ký
Nhân sự tại trung tâm Tổng cục Smersh là 646 người [11].
